Nació en San Miguel el Grande, Guanajuato. Hermano de Ignacio y tío de Mariano y Antonio, del mismo apellido, héroes también de la Independencia. Capitán del Regimiento de la Reina, conspiraba desde 1809.
Enterado del descubrimiento de la subversión en septiembre de 1810, marchó a Dolores para prevenir a Hidalgo. Quiso impedir el inicio de la lucha. Recibió en Celaya el grado de mariscal. Como teniente coronel participó en la batalla del Monte de las Cruces. Se opuso, con Allende, a retirarse y sostuvo la conveniencia de marchar sobre la capital. Acompañó a Allende a defender Guanajuato; tomó parte en la batalla del Puente de Calderón.
Marchó hacia el Norte y propuso trasladarse a Estados Unidos para buscar elementos de guerra. Sorprendido con los caudillos de la Independencia en Acatita de Baján, se le llevó a Chihuahua donde se le procesó. Lo fusilaron el 26 de junio de 1811 y su cabeza fue expuesta en la Alhóndiga de Granaditas, en Guanajuato. En 1823 lo declararon Héroe de la Patria. Sus restos reposan en la capilla de San José, de la Catedral de la Ciudad de México. León de los Aldama, en Guanajuato, lleva ese nombre en honor de los insurgentes de ese apellido
