Nació en Fitero, Navarra, España, en 1600. Virrey de la Nueva España del 10 de junio de 1642 al 23 de noviembre de 1642. Murió en Burgo de Osma, Soria, España, en 1659
El rey confió a Juan de Palafox y Mendoza, obispo de Puebla, el virreinato interino de la Nueva España en tanto llegaba a México el virrey que sustituiría al depuesto marqués de Villena.
Personaje de muchos conocimientos, gran influencia política y cercano al monarca, tuvo a su cargo el juicio de residencia de los tres virreyes anteriores.
Durante sus breve mandato ordenó destruir todos los vestigios prehispánicos, aun los que formaban parte de las fachadas de las casas y edificios.
Célebres son sus conflictos con la Compañía de Jesús, en los que defendía las prerrogativas del rey por encima de las de la iglesia.
Palafox fue removido de la sede episcopal de Puebla y trasladado a la de Osma en España.
Tras su muerte, su figura fue utilizada por la monarquía como bandera contra los jesuitas y en favor de la supremacía del poder real.