Nació en Sevilla, España, en 1723. Virrey de la Nueva España del 16 de agosto de 1787 al 16 de octubre de 1789. Murió en Madrid en 1799
Manuel Antonio Flores habÃa sido ya virrey, pero de la Nueva Granada, en el territorio que comprende las actuales Colombia, Venezuela y Panamá.
Fue promovido a México en reconocimiento a sus méritos como gobernante.
Durante su corta gestión en la Nueva España se dio un florecimiento cultural e intelectual en el que predominaron las ciencias, pues se inauguró el JardÃn Botánico â??que reunÃa ejemplares de todas las plantas del paÃsâ?? y se fortaleció la obra cientÃfica y educativa del real Colegio de MinerÃa, que se convirtió en una de las mejores instituciones del mundo, pues entre sus profesores y directivos contaba con algunos de los sabios más reconocidos en el ámbito universal.
El virrey también patrocinó una expedición para poblar la isla de Nutka en Alaska, que pertenecÃa a España y a partir de entonces dependió de México.
Sintiéndose cansado y enfermo, Flores pidió ser sustituido, lo que en breve le fue concedido