Nació en la ciudad de México el 14 de agosto. Era hijo de José Matamoros y de Mariana Guridi. Estudió en el Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco y en 1789 se recibió de bachiller en artes y teología.
Cuando se inició el movimiento insurgente era cura de Jantetelco, en Jonacatepec. Por sospechas de abrigar simpatías por la insurgencia se dio orden de aprehensión en su contra, pero Matamoros logró escapar y se unió a Morelos en Izúcar el 18 de diciembre de 1811. Permaneció en esta población a la salida de aquel jefe hacia Cuautla.
A principios de 1812 Matamoros llegó a Taxco, donde el 4 de enero Morelos lo nombró coronel de infantería. A pocos días salieron hacia Tenancingo. De allí, pasaron los insurgentes a Cuautla, a donde entraron el 9 de febrero en el sitio que a esta población puso Félix María Calleja.
Matamoros se distinguió por su valor. El 21 de abril salió de Cuautla con Manuel Perdiz para tratar de conseguir víveres para los sitiados. Llegó a Ocuituco y se reunió con Miguel Bravo, pero no lograron llevar alimentos a Cuautla. El 27 de ese mes. Matamoros se reunió con Morelos en Chiautla después de que éste rompió el sitio de Cuautla, y de allí pasó a Izúcar.
Allí reorganizó sus tropas y levantó un regimiento de dragones llamado del Apóstol San Pedro, con la divisa “Inmunidad Eclesiástica”, como protesta contra el bando emitido por el virrey Venegas el 25 de junio. Morelos lo nombró su segundo en jefe el 12 de septiembre, y el 9 de noviembre siguiente Matamoros se le unió en Tehuacán. Al día siguiente salieron hacia Oaxaca, a donde llegaron el 25 de noviembre. Matamoros se distinguió en el ataque y toma de la ciudad.
A principios de febrero de 1813, se dirigió a Yanhuitlán, donde se unió a Morelos el día 15. Matamoros permaneció en dicha población a la salida de aquel jefe insurgente, y en abril siguiente salió en persecución de Manuel Dambrini, realista procedente de Guatemala, a quien derrotó en Tonalá el 19 de ese mes.
Regresó entonces a Oaxaca, donde fue recibido triunfalmente el 28 de mayo. Matamoros tuvo algunos desacuerdos con Nicolás Bravo, y el 12 de junio siguiente, en unión de Carlos María de Bustamante, solicitó se le removiera del rumbo de Veracruz y se dejase en su lugar a Mariano Rincón.
Morelos, en Acapulco, lo nombró su teniente general. Matamoros pasó de Oaxaca a Yanhuitlán, donde continuó la organización de sus tropas y la fabricación de armas. El 16 de agosto se dirigió a la Mixteca para tratar de recuperar Izúcar, pero el 21 de septiembre Morelos le ordenó auxiliar a Nicolás Bravo, sitiado en San Juan Coscomatepec. Matamoros no llegó a tiempo para evitar la derrota de Bravo.
Matamoros se estableció después en Tehuizingo, pero acudió al llamado de Morelos para atacar Valladolid, y en diciembre se reunió con él y otros jefes insurgentes en Cutzamala. Pasaron después a Huetamo, Tacámbaro y Tiripetío.
En Llano Grande, Matamoros fue encargado el 20 de diciembre de conseguir el carbón suficiente para pintar las caras y manos de las tropas para atacar Valladolid. El 23 de diciembre iniciaron el ataque, pero fueron derrotados por Ciriaco de Llano y Agustín de Iturbide.
Los insurgentes se retiraron por Chupío y Puruarán, donde el 5 de enero de 1814, Llano e Iturbide los atacaron de nuevo y Matamoros, quien estaba al mando de las tropas insurgentes, fue hecho prisionero por el dragón José Eusebio Rodríguez. Se le condujo preso a Pátzcuaro, donde entró el 12 de enero, y 3 días después llegó a Valladolid. En esta ciudad se le instruyó causa, y el 21 de ese mes firmó su retractación.
A pesar de la oferta hecha por Morelos el 24 de ese mes de entregar 200 prisioneros realistas a cambio de Matamoros, éste fue fusilado el 3 de febrero. En 1823 se le declaró Benemérito de la Patria, y sus restos descansan ahora en la columna de la Independencia
