La basílica de Santa María es el edificio que sufrió los peores daños y ultrajes, durante la ocupación del Estado Islámico en Qaraqosh. A los textos sagrados, los cuadros y los frescos que contenía les prendieron fuego; los crucifijos fueron hechos pedazos y las imágenes de Jesucristo están decapitadas, al igual que desfigurado el rostro de la Virgen María